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Préambule: les informations, valeurs, tableaux, graphes et questions présentées ci-dessous ne sont qu'une partie du sujet étudiée. Certaines questions ne figurent pas dans le document support de l'activité mais ont été posées au cours des séances. L'orientation d'un micro-organisme est la première étape vers son identification: cela consiste à déterminer la famille et/ou le genre auquel il appartient. Cette orientation se fait par recherche de caractères culturaux et biochimiques du métabolisme respiratoire, glucidique et protéique. 1 ère partie: les grandes étapes de la démarche d'orientation / identification Observation de la culture de départ: mise en évidence des caractères culturaux (exigeant ou non-exigeant, mésophile, thermophile... ) et étude morphologique macroscopique des colonies. M.E.V.A.G (HUGH ET LEIFSON). Étude microscopique (état frais, coloration de Gram => morphologie, mode de groupement, mobilité, Gram). Réalisation des tests enzymatique d'orientation rapides (oxydase ou catalase). Détermination d'un genre ou d'un groupe de genres (par orientation dichotomique).
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- Tube 4: acidification dans le tube avec paraffine seulement: Métabolisme fermentatif seul. - Tube 5:le haut du tube est bleu, bactéries inertes au glucose: utilisation des peptides comme source d'énergie
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Choix d'une galerie d'identification adaptée (selon l'orientation) et ensemencement de la galerie => observation et interprétation des résultats de chaque milieu après vérification de la pureté de la suspension qui a servi à ensemencer la galerie. Raisonnement dichotomique (oui ou non) ou probabiliste (chiffres de la galerie API): voir en fin de page/ 2 ème partie: les critères de classification 3 ème partie: la taxonomie Pour comprendre la notion d'identification, il faut se référer à l'arbre phylogénétique (arbre du vivant) et aux définitions suivantes: Classification: c'est l'arrangement des organismes en groupes ou taxons selon leur similitude ou leur parenté évolutive. Elle a pour but l'attribution d'une identité à un être vivant. Taxon: groupe d'organismes vivants qui descendent d'un même ancêtre et qui ont certains caractères communs. Orientation bactérienne. Les embranchements, classes, ordres, familles, espèces.. des taxons. Exemple de rangs taxonomiques et de noms: Identification: cela consiste à placer un individu particulier dans un taxon connu.
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Autrement, elle pourrait se caraméliser. Technique On utilise une culture pure pour ne pas avoir de résultats faussés. On utilise deux milieux coulés en tube: la surface du premier est exposée à l'air (Tube O) tandis que l'autre est isolé de l'air avec de la paraffine liquide (Tube F). Régénération à 100 °C pendant 30 minutes. Voie d attaque du glucose. On ajoute la solution de glucose à 10% dans les tubes contenant la gélose surfusion (10 gouttes environ) à l'aide d'une pipette pasteur. Laisser refroidir le milieu jusqu'à ce qu'il se durcisse (à mettre sous un robinet d'eau froide pour gagner du temps par exemple). On ensemence les tubes avec une pipette pasteur boutonnée ou avec une anse. On ajoute de la paraffine dans le tube F, sur une hauteur de 1 cm environ. Incubation à 37 °C pendant 24 à 48 h. Lecture 1 Tubes tel qu'ils doivent être après ensemencement 2 Haut du Tube O jaune → il y a eu un changement de couleur dû à l'acidification dans le haut du tube O uniquement: les bactéries ont besoin d'oxygène pour dégrader le glucose.
- Terminer l'orientation en vérifiant que tous les caractères sont bien concordants avec le genre/famille trouvé Procéder de la même façon pour la souche 2